Cのキーでの一番素直な音の選び方は A7 で D のハーモニックマイナー Em ではCのキーのままです A7 の時だけ部分的に転調してるという調設定になります
Em7 A7 のコード進行だけみると当然 ニ長調 の II V ( D : II V ) ですからそういう調設定も使えます このやり方をキーコントロールと呼び 本来短調である二度調 ( ii : ) を長調にしてしまうやり方です（サテンドールの３小節目の感じを思い出すといいでしょう） A7 から Dm7 へ進む時に少し違和感がありますが これをわざと強調したやり方というとらえかたができます
人工的スケール（半音音階や全音音階のようにシンメトリーな構造の音階 自然発生的な音組織とは区別すべき）であるコンビネイションオブディミニシュトスケールは V として機能しているドミナントセブンスコードに使える事は使えますが危ない音も含まれますので注意深く扱う必要があります （下がってくる場合は特に）
おっしゃるとおり 長調に現れる IIIx は VI ：V ですから 一番素直なスケールは VI：ハーモニックマイナースケルです この場合 i から並べて示すのは基本的なやり方とは言えません（別な意図があるのだろうとは思いますが） i で終わるモードとは感じないからです コードスケールとして表せば iii iv #v vi vii i ii ですね（完全五度下からのハーモニックマイナースケール という長い名前）
